15.03.1594 w Zamościu założona została Akademia, nazwana przez potomnych Zamoyską.
Jej twórcą był wybitny mąż stanu i właściciel ordynacji Jan Zamoyski. Jej celem było kształcenie młodych ludzi w taki sposób, aby byli świadomymi i dobrymi obywatelami. Zgodnie z maksymą Zamoyskiego, która została wpisana do aktu fundacyjnego:
Takie będą Rzeczypospolite, jakie ich młodzieży chowanie.
Jan Zamoyski postrzegał dobrą edukację jako cel nadrzędny. Jak sam powiedział:
Bez nauk bowiem, acz mogą być niektórzy cnotliwi i światli, gdy lud w ciemności, walą się królestwa, upadają mocarstwa same dostojeństwa ciężarem się stają.
W założeniach miała być uczelnią szlachecką, wkrótce jednak zmieniła charakter na mieszczański. Na początku XVII wieku tylko ok. 5% uczniów było pochodzenia szlacheckiego.
Ważną rolę przy tworzeniu Akademii odegrał poeta Szymon Szymonowic, który sprowadził tu profesorów. Otwarto trzy wydziały: filozoficzny, medyczny, prawniczy. Zajęcia prowadziło 15 profesorów, m.in. Melchior Stefanides (pierwszy rektor; logika, metafizyka, prawo), Wawrzyniec Starnigel, Adam Burski (filozof), Tomasz Drezner (prawnik), Jan Niedźwiecki-Ursinus (medyk i twórca podręcznika gramatyki łacińskiej „Methodicae grammaticae libri IV”), Maciej Jaworowski (prawo, filozofia), w późniejszym okresie także Stanisław Staszic. Językami wykładów były greka i łacina.
Była to trzecia w Polsce uczelnia, ale pierwsza prywatna i jedyna, która kształciła swoich wychowanków w duchu obywatelskim.
Kazimierz Grabowski