Następnie Stanisław ze Skarbimierza odniósł się do etycznej oceny czynów popełnianych na wojnie zarówno przez tych, którzy prowadzą wojnę niesprawiedliwą, jak i tych, którzy walczą o sprawiedliwość. Wojna dlatego jest złem, że prowadzona w celu przywrócenia dobra lub walki ze złem w realnych sytuacjach naraża każdego uczestnika wojny na czyny niegodne. Nie sposób bowiem jest przewidzieć skutków gwałtownych działań na wojnie i chronić niewinnych, którzy mogą się stać potencjalnymi ofiarami z rąk walczących obu stron. Przytoczył tu Skarbmierczyk konstatację z Księgi Jozuego o tym, że za grzech Akana zostali ukarani niewinni („synowie Izraela”), a także inne starotestamentowe przykłady cierpienia niewinnych za nieswoje występki. Skarbimierczyk rozróżnił też sankcje: obłożenia kogoś klątwą i nałożenia interdyktu. Klątwa przysługuje temu, kto zgrzeszył i skazuje go na wieczne potępienie. „Natomiast interdykt można nałożyć na kogoś ze względu na wielkość grzechu, jeżeli tego, kto zgrzeszył, nie można w inny sposób przymusić, a wtedy ponosi [ktoś] karę bez winy, ale nie bez przyczyny”.
Głównym celem mowy Skarbimierczyka było rozważenie sprawiedliwości wojny w przypadku, gdy jej stronami są chrześcijanie i poganie (niewierni). Korona Królestwa Polskiego miała bowiem problem z Krzyżakami, którzy osiedleni w 1320 roku na Ziemi Dobrzyńskiej i Chełmińskiej rozciągali brutalnie swoje panowanie na ziemie zamieszkałe przez Prusów, zagrażali Litwie i Żmudzi, a nawet Koronie. Jako Zakon Szpitala Najświętszej Marii Panny Domu Niemieckiego w Jerozolimie (Ordo domus Sanctae Mariae Theutonicorum) w sposób barbarzyński podbijali terytoria tych ludów w imię chrystianizacji pogan.
Stanisław ze Skarbimierza podszedł do sprawy ostrożnie, acz wywód prowadził konsekwentnie. Nie wymieniając z nazwy Krzyżaków rozważył sytuację, gdy „poganie bałwochwalcy”, uznawani „za służących Bogu” postępują, jakby nie znali prawa bożego i dopuszczają się licznych występków przeciwko niewinnym. Wtedy monarcha katolicki ma prawo wystąpić przeciwko napastnikom w wojnie sprawiedliwej. I poparł decyzję monarchy, który wymierza chrześcijanom słuszną karę za grzech odstąpienia od prawa Bożego. I to chrześcijanie – nawet wtedy, gdy to nie oni, lecz poganie lub niewierni są celem brutalnego ataku chrześcijan – mają prawo owych pogan bronić „z nakazu boskiej sprawiedliwości”.
Ostatecznie Skarbmierczyk postawił sprawę jasno, choć znowu nie użył nazw własnych walczących stron ze względu na zarzuty chrześcijańskiej Europy, że katolicki polski król występuje przeciwko chrześcijańskiemu Zakonowi w sojuszu z niewiernymi (Litwą). Warto przytoczyć tę słynną jednoznacznie brzmiącą wypowiedź:
„I nie ma różnicy w rodzaju bicza, czy chrześcijanin popełniający przewinienie karany jest przez innego chrześcijanina, czy [przez] niewiernego. A tak, jeżeli poganie są sami przez niekiedy pobudzani z niezgłębionego wyroku Boga, do karania chrześcijan popełniających przewinienia i jeżeli wojując, zabijając i zgładzając grzeszników z [powierzchni] ziemi uznawani są za służących [Bogu], dlaczego także nie mieliby być uznawani za służących Bogu, gdy łączą się w wojnie sprawiedliwej z chrześcijanami mającymi słuszną sprawę, walcząc przeciw innym chrześcijanom – złym?”
Dla Skarbimierczyka zatem nie tylko wojna w słusznej sprawie – chrześcijan z niewiernymi i chrześcijan między sobą – ale niewiernych (pogan) przeciwko chrześcijanom jest wojną sprawiedliwą. Takie postawienie sprawy było na przełomie XIV i i XV w. czymś wyjątkowym w chrześcijańskiej Europie, która miała za cel: po pierwsze, chrystianizację, po drugie zmaganie się z niewiernymi, którzy występowali przeciwko chrześcijanom. Dla Skarbimierczyka nie było ważne, jak się mienią strony, lecz przyczyna wojny i spełnienie pięciu sformułowanych zasad. I takie ma być kryterium oceny wojny sprawiedliwej albo niesprawiedliwej, a nie wyznanie religijne stron biorących w niej udział.
Dalej Skarbimierczyk chwalił stan pokoju: „Tak bardzo piękny jest pokój, ze wszystko, co jest dobre, lepiej się urządza w czasie pokoju i bardziej czczony jest sprawca pokoju”. Dlatego w przypadku zakłócenia pokoju należy wszelkimi siłami doprowadzić do jego przywrócenia. Można to czynić, jeśli tych sił nie staje, nawet w sojuszu z niewiernymi. Ustanowienie pokoju jest przywróceniem stanu naturalnego, a więc Bożego. I to właśnie prawo naturalne („przyrodzone”) jest jedno dla wszystkich, niezależnie od wyznania i stąd przymierze katolickiego władcy z poganami jest przez nie chronione.
Idąc za św. Augustynem i wcześniejszym przekazem Księgi Jozuego potwierdził Skarbimierczyk wyrażoną tam diagnozę metody prowadzenia wojny sprawiedliwej. W niej, mimo zasady otwartości rycerskiego zmagania się z przeciwnikiem, dopuszczalny jest podstęp. W tej perspektywie widział sojusz chrześcijan z poganami jako swoistą „zasadzkę”. Ponadto w świetle prawa narodów (prawa międzynarodowego stanowionego w relacjach międzypaństwowych), jeśli ma ono służyć sprawiedliwości, to w imię jej zaprowadzenia wolno posiłkować się poganami. Więcej, współdziałanie chrześcijan i niewiernych na wojnie sprawiedliwej może mieć siłę zbawczą, „gdyż sprawiedliwość i wspaniałomyślność są cnotami wspólnymi wiernym i niewiernym”.
Skarbimierczyk w argumentowaniu na rzecz legalności przymierza chrześcijan z poganami w wojnie sprawiedliwej posługiwał się zarówno faktami historycznymi, jak i powoływał się na brak formalnego zakazu ze strony papiestwa. Przykładem historycznym, jaki przytoczył, było uczestnictwo chrześcijan w wojnie sprawiedliwej, której przewodził pogański cesarz Julian Apostata (Odstępca – ok. 331-363), prowadzonej przeciwko germańskim barbarzyńcom. I nie chodziło wtedy wyłącznie o posłuszeństwo zwierzchnikowi, ale o zgodne z prawem naturalnym wsparcie Juliana przez chrześcijan, którego spełnienie uzasadnia taką postawę chrześcijan „dla powstrzymania tego, co szkodliwe”. I niejako na odwrót: należy wzywać pogan do pomocy w zwalczaniu zła i dla tryumfu dobra.
Na papieża Innocentego IV (ok. 1195-1254) powołał się Skarbimierczyk, gdy uzasadniał sprzymierzenie się z poganami także wtedy, gdyby to ci ostatni stali się ofiarą wojny niesprawiedliwej, wywołanej przez chrześcijan lub wskutek podejmowanych przez nich innych form niszczenia mienia i pozbawiania pogan rodzimego terytorium. Papież ów zwrócił bowiem uwagę na wartość własności, która wyłoniła się naturalnie z początkowej wspólnoty dóbr. Skarbimierczyk pisał: „A tak to, co ktoś zajął od początku, było jego, przedtem nie należało do żadnego człowieka, tylko do Boga”.
